海南叉蕨病害发生较少，主要应预防土传性真菌类病害。在高温高湿季节可用50％多菌灵可湿性粉剂800～1000倍液，或70％甲基托布津可湿性粉剂800～1000倍液喷施预防。
海南叉蕨主要虫害是蜗牛。蜗牛主要危害幼叶，喜阴湿，干热时昼伏夜出，如遇雨天，则昼夜活动产生危害，干旱或气候不良时，分泌黏液形成蜡状膜将口封住，隐蔽起来不活动，干旱过后又恢复活动。
防治方法：(1)选用的栽培土壤以及烂树叶等用生石灰除虫，清洁栽培场所周围的沟渠并施撒生石灰，除掉杂草，以减少蜗牛的发生；(2)人工捕捉成贝和幼贝；(3)撒施8％灭蜗灵颗粒剂或10％多聚乙醛颗粒剂。